Подчеркивание можно сделать руками или встроенными средствами в программе.

Во втором случае — единственный и одинокий плюс: это скорость (линия завязана на конкретном слое и в случае форматирования текста, подчеркивание не придется двигать руками).

А вот о таких возможностях как толщина, цвет, размер пунктира и отступ линии можно забыть даже не вспоминать, если линию делаете автономно, а не руками.

Функция пунктирной линии и ее параметры доступна только в иллюстраторе

Автоматическое подчеркивание глючит: Если не обратили на это внимания сразу, то посмотрите в картинку в шапке блога (линия стала в 3й строке толщиной в 2px).

Выводы:
Да, это дольше, но значительно круче.
Чаще всего, дизайнер, игнорирующий сей факт — закономерно приравнивается к неопытному: Халатность непростительна.